Associação Portuguesa de Investigação em Cancro
StemCellNet: Uma nova ferramenta para decifrar as redes moleculares de células estaminais
StemCellNet: Uma nova ferramenta para decifrar as redes moleculares de células estaminais
Nos últimos anos vários avanços científicos têm contribuído para a expansão do nosso conhecimento acerca das células estaminais, e para o aumento do interesse e investigação nesta área cientifica. Este interesse é motivado não só pela importância das células estaminais no processo de desenvolvimento embrionário, mas também pelo seu potencial em termos de investigação clínica e aplicações médicas.
No entanto, embora a investigação em células estaminais tenha gerado uma elevada quantidade de informação e dados, a análise e aproveitamento dos mesmos tem sido limitada pela falta de ferramentas e recursos computacionais adequados. Adicionalmente, a complexidade dos processos de análise dificulta a interpretação dos dados.
Para superar esta dificuldade, e providenciar aos investigadores nesta área cientifica uma ferramenta útil para o estudo de células estaminais, os membros do laboratório de biologia de sistemas e bioinformática da universidade do Algarve desenvolveram o StemCellNet. O StemCellNet é uma plataforma interactiva para a análise de interações moleculares associadas com células estaminais, que pode ser acedida livremente no site http://stemcellnet.sysbiolab.eu/. Adicionalmente o StemCellNet possui funcionalidades que o tornam útil para outras áreas de investigação biomédica, tais como a medicina regenerativa, o cancro e as doenças degenerativas. O desenvolvimento desta plataforma originou uma publicação científica na prestigiada revista científica internacional Nucleic Acids Research.
O software no qual se baseia o StemCellNet foi desenvolvido maioritariamente pelo investigador José Pedro Pinto, que ganhou recentemente uma bolsa de pós doutoramento da Fundação para a Ciência e Tecnologia (FCT). Citando as palavras do investigador principal da Universidade do Algarve e coordenador deste projecto, Matthias Futschik: “Acreditamos que o StemCellNet vai ajudar uma grande parte da comunidade científica a compreender melhor as células estaminais e a sua aplicação em biomedicina. O StemCellNet é a nossa primeira ferramenta computacional dedicada ao estudo da biologia de células estaminais, mas planeamos desenvolver várias outras num futuro próximo”.
Autores e afiliações:
José Pedro Pinto: CBME/IBB, LA, University of Algarve, Faro
Ravi Kiran Reddy Kalathur: CBME/IBB, LA, University of Algarve, Faro
Rui S. R. Machado: CBME/IBB, LA, University of Algarve, Faro
Joana M. Xavier: CBME/IBB, LA, University of Algarve, Faro
José Bragança: CBME/IBB e DCBM, LA, University of Algarve, Faro.
Matthias E. Futschik: CBME/IBB e CCMAR, LA, University of Algarve, Faro.
Abstract:
Stem cells are characterized by their potential for self-renewal and their capacity to differentiate into mature cells. These two key features emerge through the interplay of various factors within complex molecular networks. To provide researchers with a dedicated tool to investigate these networks, we have developed StemCellNet, a versatile web server for interactive network analysis and visualization. It rapidly generates focused networks based on a large collection of physical and regulatory interactions identified in human and murine stem cells. The StemCellNet web-interface has various easy-to-use tools for selection and prioritization of network components, as well as for integration of expression data provided by the user. As a unique feature, the networks generated can be screened against a compendium of stemness-associated genes. StemCellNet can also indicate novel candidate genes by evaluating their connectivity patterns. Finally, an optional dataset of generic interactions, which provides large coverage of the human and mouse proteome, extends the versatility of StemCellNet to other biomedical research areas in which stem cells play important roles, such as in degenerative diseases or cancer.
Revista:
Nucleic Acids Research
Link:
